Ich hatte einen ähnlichen Effekt. Bei mir hatte das Muli (v 0.27c)den ED2K aber erst gar nicht übernommen. Der ED2K Button in den Einstellung war ebenfalls nicht anwählbar.
Nach mehreren Versuchen mit diversen Mods, die zu keiner Lösung geführt hatten, bin ich "Back to the Roots" und habe einer ältere Version des Mulis drübergebügelt (v 0.26d).
Danach wahr der ED2K Button anwählbar und die Übernahme zum Muli lief dann wieder wie früher.
Somit ist der IE6 unschuldig.