Naja, bei Festplatten kann man heutzutage nicht mehr soviel testen, weil die physikalische Fehler selbst korrigieren. Erst wenn es ganz böse wird und die Platten es selbst nicht mehr schaffen, gibts Probleme, und die würdest du wohl auch ohne Emule zu spüren bekommen.
Denkbar wäre vielleicht auch, das der Fehler irgendwo zwischen CPU und Festplatte liegt, also beim Controller, Kabel oder so. Hast du schon die neuesten Chipsatztreiber drauf? Vielleicht bringt es auch was, den Zugriffsmodus der Festplatte im BIOS etwas langsamer einzustellen. Hier
http://www.heise.de/ct/ftp/ gibts ein Festplattenbenchmarkprogramm für Windows. Wenn du das ausführst, dürfte das die Platte auch ziemlich stressen, vielleicht steigt dein Rechner dabei ja auch aus. das wäre zumindest schon mal ein Hinweis mehr. Ein Festplatten-Testprogramm, was
spürbar mehr leistet als das, was bei Windows dabei ist, kenne ich zumindest nicht.