benutz einfach eine 0.28´er version, da sollte dies eigentlich am start nimmer vorkommen.
auf jeden fall sollte dein emule vor dem start sauber beendet worden sein. gleiches gilt auch für windows.
ein absturz oder das betätigen des reset-knopfes am rechner führen fast immer zu den von dir angesprochenen fehlermeldungen, da hierbei, solange emule noch aktiv ist, deine aktiven part.met files zerstört werden (alle informationen darin werden gelöscht, deswegen die "null" in der fehlermeldung).
was in deinem fall ratsam wäre ist vor jedem emule-start backups der part.met files zu machen. sollten defekte auftreten, dann emule beenden und die defekten gegen die backups austauschen.
du kannst auch versuchen, die defekten part.met files mittels donkeydoctor wiederherzustellen. eine von mir verfasste anleitung dazu findest du hier:
http://www.emule-web.de/board/viewtopic.php?t=3527.
allerdings kommt man damit nicht immer zum erfolg.