Folgendes funktioniert in 99% aller Fälle problemlos:
1. Die neue Version in ein eigenens, neues Verzeichnis entpacken.
2. Den config-Ordner der alten Version in den neuen Ordner KOPIEREN. Eventuell bereits vorhandene Dateien überschreiben.
3. Neue Version starten. Die alten Einstellungen werden meist komplett übernommen, trotzdem mal kontrollieren. Bei mir funktioniert dieses Verfahren bisher reibungslos, außerdem hast du die alte Version inklusive aller Dateien noch unverändert auf Platte.
Ich bin mir nicht sicher, ob das genauso reibungslos geht, wenn Temp- und Incoming-Verzeichnis im Emule-Verzeichnis liegen. Ist das bei dir der Fall?
Edit: den letzten Abschnitt von mir kannst du ignorieren, wenn du es wie Stern machst. Ich bevorzuge aber meine Methode