Quark, nix mit Downloads weg...
Die sind gespeichert im Temp- bzw. Incoming-Ordner...
1. Musst entweder bei der Installation des neuen eMules unter Preferences > Directories (Einstellungen > Verzeichnisse) die richtigen Ordner wieder angeben und anschließend eMule neustarten.
2. Einfacher is noch: den config-Ordner aus dem alten eMule zu übernehmen, darin (insbesondere in der preferences.ini) is gespeichert wo die Dateien liegen.
Ich würde aber in deinem Fall wegen den LowIDs zu ner sauberen Installation raten, vielleicht sogar ner Neuinstallation (siehe Punkt 1). Was ne "saubere Installation" is und wie das geht kann man über die Boardsuche erfahren.
//edit: Mist, da war wohl einer schneller